Mais, malheureusement, une blessure vient compromettre sa carrière. Lors de l'Etoile de Bessèges (1985), il se fait mal à la cheville gauche suite à un choc avec une pédale. La douleur, située au talon d'Achille, est irrégulière et semble anodine mais pourtant... Le double vainqueur du Tour subira une opération pour guérir la blessure, une opération lourde qui nécessitera une longue rééducation. Lors de son retour, en 1986, le Français n'est pas au mieux de sa forme mais les sensations reviennent doucement mais sûrement. Mais selon ses propres dires : il ne retrouva jamais sa puissance de 1984, car son mouvement de pédalage au niveau de la cheville est différent.
Son année 1987 n'est pas satisfaisante malgré une troisième place sur la Vuelta. En 1988, grâce à une préparation révolutionnaire avec Alain Gallopin, son grand ami, Fignon remporte Milan - San Remo, course majeure du calendrier. Il réalisera même le doublé en 1989. Toujours en 1988, où il retrouve réellement de bonnes jambes, il fait troisième de Paris-Roubaix : qu'il aurait aimé gagner, remporte Paris-Camembert et le Tour de la CEE.
Indéniablement, 1989 fût un tournant dans sa carrière. Outre Milan - San Remo, il remporte le Tour d'Italie, le Giro qu'il avait failli gagner en 1984 mais à l'époque, les organisateurs italiens avantageaient plus que jamais les compatriotes. Il remporte aussi le Tour de Romandie et le Critérium des As. Et bien sûr, il perd le Tour pour huit secondes contre l'Américian Greg Lemond. Les années qui suivent sont en dents de scie, il gagne moins souvent mais est toujours un exemple dans le peloton. Celui-ci découvre alors l'EPO.